1.代谢物分析

主要进行能源微生物的代谢组和代谢流分析，特别是针对纤维素降解微生物和产油微藻代谢网络的分析。通过分析揭示代谢网络调控以及代谢通路瓶颈，这些信息可以指导后续的代谢工程工作。

2.蛋白质结构以及蛋白质工程

通过结构解析和相互作用分析等手段对能源微生物中关键酶、蛋白复合物（例如纤维小体）、以及调控元件进行深入的结构和作用机理研究。在结构和功能研究的基础上，对关键蛋白进行理性设计或定向进化，指导后续的代谢工程设计。

3.代谢工程

我们正在构建非模式能源微生物的遗传操纵体系，包括全新的DNA转化工具，质粒系统，DNA功能模块以及筛选和优化体系。利用这些手段可以改变微生物既有的代谢网络和调控网络，得到新的高效或抗逆株系。

4.发酵和工艺优化

作为工程最下游，设计和优化新的CBP策略，针对特定工业产品进行发酵条件和生产工艺的优化，以及研发高效的分离纯化手段。我们的最终目标是通过对原始材料和初产物的系统和差异化利用来得到最好的经济效益。